1、地址不同：南宁站位于广西壮族自治区南宁市西乡塘区中华路82号，南宁东站位于南宁市青秀区长虹路66号。
2、始建时间不同：南宁火车站1951年2月25日开站，同年3月10日营业。南宁火车东站始建于2012年7月25日，2014年12月26日运营。
3、负责列车不同：南宁火车站主要是负责所有普铁列车的运营，也负责去往广州、桂林柳州方向等动车，南宁火车东站只有动车组列车和高铁列车，负责动车高铁的运营。
南宁站的地址及运营线路
南宁站位于中国广西壮族自治区南宁市，是中国铁路南宁局集团有限公司管辖的一座特等站，是南宁铁路枢纽的重要组成部分，也是西南出海大通道和中国—东盟国际经贸大通道的铁路交通枢纽。
截至2015年3月，南宁站设有7个站台（1个侧式站台，6个岛式站台），13个站台面，13条到发线。引入线路为湘桂铁路、南昆高速铁路、南广高铁、柳南客专、南崇高铁。
南宁东站的地址及运营线路
南宁东站位于中国广西壮族自治区南宁市，是中国铁路南宁局集团有限公司管辖的一座客运车站，是西南最大规模的综合性铁路交通枢纽，同时也是集高铁、普速、地铁、公交、长途客运于一体的特大型综合交通枢纽站。
截至2016年4月，南宁东站到共设3个车场，站场总共30条到发线、13座站台，引入线路为湘桂铁路、柳南客专、南广高铁、南钦高铁、贵南高铁、南玉高铁。
