这个问题还是很easy的 MEGA 4 1.打开MEGA4软件 2.在界面中选择Alignment->Alignment Explorer/CLUSTAL 3.在弹出的窗口中选择create a new alignment 4.弹出的窗口中点击no用于蛋白质的分析 输入序列什么的就不说了 5.采用菜单栏Alignment中的Align by ClastalW 6.利用默认参数进行多序列比对 7.点击Data菜单栏中的Exit AlnExplorer 8.点击Yes保存current align session (.mas)及MEGA file(.meg) 9.我暂且认为你是要构建phylogeny，NJ(neighbor joining)和MP(Maximum parsimony)方法都可以，当然还有其他很多方法，依据不同标准，需求选择 10.调好参数，计算就可以了
