1、营养价值不一样：河豚味甘，性温，能够除风湿和补脾。刺龟鱼含有丰富蛋白质，常用于煲汤食用，也可入药。2、具有毒的部位不同：刺龟鱼是肝脏含有剧毒，而河豚是筋肉、皮、卵巢均有毒。3、身体长度不同：刺龟鱼眼睛稍微凸出，身长20至90厘米。河豚呈圆筒形，有气囊，遇到危险时会吸气膨胀，一般体长在25至35厘米。
4、生长习惯不同：刺龟鱼春夏季向近海移动，在沿岸海区产卵，怀卵量10余万至数10万粒。河豚进入淡水，5～6月在江河中有产卵怀卵量一般在4～5万粒间。5、特征不同：刺龟鱼腹部有一大大的气囊，体表的鱼鳞变成了长长的硬刺，大多生活在热带的近海处。河豚的身体短而肥厚，它的牙齿，上颌和下颌是辨别衔接在一同的。
