传统观点认为，一个王朝灭亡的标志是主要都城易主和当朝皇帝丧失皇位或生命终结。按照这一标准，明朝灭亡的时间毫无疑问就是1644年，这一年三月，李自成攻占北京，崇祯皇帝在北京自缢身亡。
之后清朝入关后， 刻意地强化了明朝亡于李自成的观点，以强化自己夺取的天下不是从明朝，而是从李自成的手中夺取过来的。清军入关是为了给崇祯皇帝复仇，而夺取天下只不过是对这场复仇的犒赏。
后来清朝主持编修的《明史》，便是以崇祯皇帝自缢为终点。
但这个观点有很大的问题。1644年李自成攻克北京之时，明朝仍然占据淮河以南的大片领土。而且明朝的留都南京的官员很快就选择朱由崧作为新的皇帝，大明作为一个政权，仍然存在。所以许多人认为1644年明朝并没有灭亡。
1645年，弘光帝朱由崧被俘，南京陷落清军在南下消灭李自成军队后，便调转枪口，对准了盘踞在南京的弘光政权。
福王朱由崧作为明朝南京留守官员在崇祯帝自缢后，拥立的新天子，毫无疑问在当时仍然在明朝统治的区域拥有无可置疑的合法性。弘光皇帝朱由崧完全可以作为崇祯帝朱由检的继承人。而且弘光皇帝治下，明朝仍然有半壁江山，基本做到了与北方的清朝划江而治。
朱由崧为首的弘光政权覆灭后，虽然明朝残余势力仍然占有福建、两广、湖广等部分地区，但此时这些残余势力事实上已经丧失了一个统一的中央政府。虽然在朱由崧之后，仍然存在有隆武、邵武、鲁监国和永历中央政府。但这所谓的明朝中央，基本都是受制于拥立自己的武将，根本无法像过去的明朝中央那样，可以指挥调动所辖范围内的各方势力。
因此弘光政权作为明朝最后一个仍然在地方有一定影响力的中央政权，其灭亡标志着明朝的灭亡，是有一定的合理性。
1659年、1661年与1662年，永历政权崩溃大部分的明史爱好者以及部分的专家学者，都认为明朝的灭亡应该算在1661年或者1662年。因为这是南明最后一任皇帝永历皇帝及其政权崩溃的时间。
1659年是永历皇帝在清朝军队的进逼下，率领直属于自己的所谓永历中央朝廷官员逃亡缅甸。部分学者认为，永历君臣逃亡缅甸，意味着明朝彻底退出了中国大陆地区，以此作为明朝灭亡的时间。但此时永历君臣还在，支持永历的李定国军队仍然还在中缅边境活动，因此以1659年为明朝灭亡时间的人并不多。
1661年为永历君臣在缅甸遭遇“咒水之难”，永历朝臣大部分被当时的缅甸统治者处死,，意味着永历政权只剩下永历皇帝及部分亲属，意味着永历朝廷完全崩溃。因此部分学者以1661年为明朝灭亡的时间。
认为1662年为明朝灭亡的时间则是这一年是永历皇帝和李定国去世的年份。永历皇帝朱由榔作为名义上各个反清势力所承认的最后一位明朝皇帝，他的去世，标志着整个抗清运动失去了统一的象征。
之后虽然仍然存在有李来亨以及郑成功的抗清势力，但他们并没有拥立新的朱姓皇帝，因此作为明朝这一王朝，就此已经算是彻底灭亡。整个中华大地，只剩下清朝皇帝这一个皇帝，大清朝廷一个朝廷。
1664年夔东十三家被清军攻灭夔东十三家原为李自成起义军残部。隆武皇帝即位后，放弃过去的矛盾，采取联合大顺、大西起义军残部的政策，联合抵抗清朝。原李自成大顺军的将领李来亨等人接受隆武政权招安，成为南明的一派势力。
但南明内部的官僚仍然对农民起义军出身的李来亨部抱有敌意，最后李来亨率领其部退至夔东地区，独立抗清。因为其中分为十三部，因此称为夔东十三家。
虽然已经是独立的抗清力量，但他们仍然奉明朝为正朔，而且原本就是明朝政府正式承认的一部分。因此《南明史》的作者顾诚认为，1664年清朝攻灭夔东十三家，这应该才是明朝灭亡的时间。
1683年清朝统一台湾1662年郑成功从荷兰人手中收复台湾，之后便以台湾作为抗清的主要基地。在永历政权和夔东十三家覆灭后，盘踞台湾的郑氏家族依旧以明朝自居，并依旧采用永历年号，一直到1683年清朝统一台湾，消灭郑氏集团。至此中国境内再无以明朝为正朔的反清势力。
但大部分的专家学者并不把1662至1683年这段时间的郑氏家族算作明朝。主要原因在于郑氏家族并没有在永历之后拥立新的皇帝。而且在郑成功去世后，台湾的郑氏政权的战略发生了重大改变，将过去的抗清转变为据岛自守，形成割据势力。
但是郑氏家族的族长毕竟是明朝官方正式册封的郡王，而且也赐国姓“朱”，在法理上也可以代表明朝，这也是部分学者将郑氏家族统治台湾的时间也算入明朝的原因。
一般中国历史的王朝，要么亡于外敌入侵，要么亡于内乱。而明朝末年，是既有外敌，又有内乱。整个天下呈现出明朝残余势力、内部的农民军和外部的满清三方争夺的态势。内乱的李自成部先下手，攻克了明朝的都城。
但随后明朝外敌满清又再次入关，导致了事情更加复杂。原先的农民军又与明朝残部联合，原本的历史的可以走成北宋南宋更替，南明与清朝划江而治，再现宋金对峙的状态。但无奈南明方面的诸多问题，导致其无法像南宋那样支撑较长的时间，最终灭亡。而这种灭亡又没完全灭亡的状态，使得百年之后，人们在研究明末历史之时，出于种种的立场，有了多种的解读，也就导致了为何明朝灭亡时间的争议。
